Nasce num castelo da Navarra, na Espanha, em 7 de abril de 1506. Sua família é nobre. Seu pai, querendo fazer dele um grande senhor, o envia a Paris, na França, para estudar. Ali encontra Inácio de Loyola junto ao qual descobre que Cristo pode ser a razão maior de sua vida. Abandona a casa, as riquezas, todos os seus projetos, e com Inácio e mais outros cinco companheiros dá início à Companhia de Jesus.

Em 15 de Junho de 1537 é ordenado sacerdote e em 15 de março de 1540 parte de Roma para Lisboa a caminho do Extremo Oriente, iniciando assim sua heróica aventura missionária que o levou a pregar o Evangelho na Guiné, Ilha de Trindade, Cabo da Boa Esperança, Moçambique, Índia, Malásia, Singapura, Indonésia, Japão e na Ilha de Sancian, na costa da China de onde projetava penetrar na imensa China continental.

Ele navega por diversos meses em seguida, incorre em tempestades, naufrágios, piratas, autoridades sem escrúpulos, atentados, fome, sede, doenças ... Nada parece frear o ímpeto dele, nem a saudade da família, nem os conselhos dos amigos. Para Xavier "viver sem alegrar-se de Deus não seria uma vida, mas uma morte contínua". Por isso vale a pena "perder a vida temporal para ir em socorro da vida espiritual do próximo".

Seu testemunho de vida lhe vale logo a fama de santo. Suas idéias simples para um Oriente tão complexo não rechaçam a estima que os indianos demonstram por ele. Pelo contrário, Francisco parece saber atrair muita simpatia e admiração, cativar as pessoas pela alegria, pela animação e pela amizade. Seu carisma e sua atenção, sobretudo com os pobres e com as crianças, são excepcionais.

A China se apresenta aos seus olhos como um país centralizado, bem administrado e culturalmente influente. Isso pode ter um impacto decisivo para o anúncio da Boa Nova na Ásia. Ele quer ir até lá. Com um pequeno grupo de colaboradores chega à ilha de Sancian, às portas da China. Enquanto aguarda pela última travessia, é atingido por uma febre da qual morre em 3 de dezembro de 1552 com apenas 46 anos.

Xavier é abandonado por quase todos sem poder concretizar seu mais ousado e ambicioso projeto. Ele é como Moisés que avista a Terra Prometida sem poder entrar nela. Sua visão de chegar às portas da realização do seu sonho é a herança de impulso, de audácia e de vitalidade missionária que deixou à posteridade.
Francisco Xavier é proclamado santo em 12 de março de 1622 pelo Papa Gregório XV. O Papa Pio XI o declara, junto com Santa Teresinha do Menino Jesus, Padroeiro das Missões. Sua festa é celebrada todos os anos no dia 3 de dezembro.